Αρμοδιότητα του Τμήματος Κτηνιατρικής είναι η προστασία της Δημόσιας Υγείας, με τον έλεγχο και τις επιθεωρήσεις σε όλα τα στάδια της παραγωγής ζωικών τροφίμων και σκευασμάτων, από τον πρωτογενή τομέα με τον έλεγχο της εφαρμογής των προγραμμάτων υγείας των ζώων, μέχρι τον τριτογενή και την ορθή διαχείριση των ζωικών αποβλήτων και υποπροϊόντων.
Ο έλεγχος αφορά τους όρους υγιεινής παραγωγής και συντήρησης, τα οχήματα μεταφοράς, τον έλεγχο των φαρμάκων, τις εισαγωγές και εξαγωγές με την έκδοση σχετικών αδειών και κωδικών καταχώρισης.