Ο φυτοϋγειονομικός έλεγχος διενεργείται στα εισαγόμενα, παραγόμενα και διακινούμενα φυτά, φυτικά προϊόντα και λοιπά αντικείμενα σύμφωνα με το Π.Δ. 365/ΦΕΚ 307Α/10-12-2002, με το οποίο έχει ενσωματωθεί στο εθνικό δίκαιο η οδηγία 2000/29/ΕΚ του Συμβουλίου, όπως ισχύει, και στοχεύει στη μείωση του κινδύνου εισαγωγής και διάδοσης επιβλαβών οργανισμών στη Χώρα και στην ΕΕ.
Τα διακινούμενα, εντός της χώρας και την ΕΕ, φυτά, φυτικά προϊόντα και λοιπά αντικείμενα τα οποία περιλαμβάνονται στο Παράρτημα V, Μέρος A, του Π.Δ. 365/ΦΕΚ 307Α/10-12-2002 συνοδεύονται με Φυτοϋγειονομικό Διαβατήριο.