Η Γενική Διεύθυνση Αναπτυξιακού Προγραμματισμού, Περιβάλλοντος και Υποδομών είναι αρμόδια για το συντονισμό και την παρακολούθηση της λειτουργίας όλων των οργανικών μονάδων που υπάγονται σ’ αυτή. Μεριμνά για την εξασφάλιση των προϋποθέσεων της εύρυθμης λειτουργίας τους και την υποβοήθηση των υπηρεσιών που υπάγονται σ’ αυτήν για την αντιμετώπιση των προβλημάτων και των υποθέσεων αρμοδιότητάς τους.
Συγκροτείται από τις εξής οργανικές μονάδες:
Διεύθυνση Αναπτυξιακού Προγραμματισμού, με έδρα τη Μυτιλήνη και τοπική αρμοδιότητα σε όλη την Περιφέρεια Βορείου Αιγαίου.
Διεύθυνση Περιβάλλοντος και Χωρικού Σχεδιασμού, με έδρα τη Μυτιλήνη και τοπική αρμοδιότητα σε όλη την Περιφέρεια Βορείου Αιγαίου.
Διεύθυνση Τεχνικών Έργων Περιφερειακής Ενότητας Λέσβου, με έδρα τη Μυτιλήνη και τοπική αρμοδιότητα στις Περιφερειακές Ενότητες Λέσβου και Λήμνου.
Διεύθυνση Τεχνικών Έργων Περιφερειακής Ενότητας Σάμου, με έδρα τη Σάμο και τοπική αρμοδιότητα στις Περιφερειακές Ενότητες Σάμου και Ικαρίας.
Διεύθυνση Τεχνικών Έργων Περιφερειακής Ενότητας Χίου, με έδρα τη Χίο και τοπική αρμοδιότητα στην Περιφερειακή Ενότητα Χίου.