Η Γενική Διεύθυνση Μεταφορών και Επικοινωνιών είναι αρμόδια για το συντονισμό και την παρακολούθηση της λειτουργίας όλων των οργανικών μονάδων που υπάγονται σ’ αυτή, την εξασφάλιση της εύρυθμης λειτουργίας τους και την αντιμετώπιση των προβλημάτων και των υποθέσεων αρμοδιότητάς τους.
Συγκροτείται από τις εξής οργανικές μονάδες:
Διεύθυνση Μεταφορών και Επικοινωνιών Περιφερειακής Ενότητας Λέσβου, με έδρα τη Μυτιλήνη και τοπική αρμοδιότητα στις Περιφερειακές Ενότητες Λέσβου και Λήμνου.
Διεύθυνση Μεταφορών και Επικοινωνιών Περιφερειακής Ενότητας Σάμου, με έδρα τη Σάμο και τοπική αρμοδιότητα στις Περιφερειακές Ενότητες Σάμου και Ικαρίας.
Διεύθυνση Μεταφορών και Επικοινωνιών Περιφερειακής Ενότητας Χίου, με έδρα τη Χίο και τοπική αρμοδιότητα στην Περιφερειακή Ενότητα Χίου.