Η Γενική Διεύθυνση Οικονομικού και Δημοσιονομικού Ελέγχου είναι αρμόδια για το συντονισμό και την παρακολούθηση της λειτουργίας όλων των οργανικών μονάδων που υπάγονται σ’ αυτή. Μεριμνά για την εξασφάλιση των προϋποθέσεων της εύρυθμης λειτουργίας τους και την υποβοήθηση των υπηρεσιών που υπάγονται σ’ αυτήν για την αντιμετώπιση των προβλημάτων και των υποθέσεων αρμοδιότητάς τους.
Συγκροτείται από τις εξής οργανικές μονάδες:
Διεύθυνση Οικονομικού και Δημοσιονομικού Ελέγχου ΠΕ Λέσβου-Λήμνου, με έδρα τη Μυτιλήνη και τοπική αρμοδιότητα στις ΠΕ Λέσβου και Λήμνου.
Διεύθυνση Οικονομικού και Δημοσιονομικού Ελέγχου ΠΕ Χίου, με έδρα τη Μυτιλήνη και τοπική αρμοδιότητα στην ΠΕ Χίου.
Διεύθυνση Οικονομικού και Δημοσιονομικού Ελέγχου ΠΕ Σάμου-Ικαρίας, με έδρα τη Σάμο και τοπική αρμοδιότητα στις ΠΕ Σάμου και Ικαρίας.