Η Γενική Διεύθυνση Περιφερειακής Αγροτικής Οικονομίας, Κτηνιατρικής και Αλιείας είναι αρμόδια για το συντονισμό και την παρακολούθηση της λειτουργίας όλων των οργανικών μονάδων που υπάγονται σ’ αυτή. Μεριμνά για την εξασφάλιση των προϋποθέσεων της εύρυθμης λειτουργίας τους και την υποβοήθηση των υπηρεσιών που υπάγονται σ’ αυτήν για την αντιμετώπιση των προβλημάτων και των υποθέσεων αρμοδιότητάς τους.
Συγκροτείται από τις εξής οργανικές μονάδες:
Διεύθυνση Αγροτικής Οικονομίας και Αλιείας, με έδρα τη Μυτιλήνη και τοπική αρμοδιότητα σε όλη την Περιφέρεια Βορείου Αιγαίου.
Διεύθυνση Κτηνιατρικής, με έδρα τη Μυτιλήνη και τοπική αρμοδιότητα σε όλη την Περιφέρεια Βορείου Αιγαίου.
Διεύθυνση Αγροτικής Οικονομίας και Αλιείας Περιφερειακής Ενότητας Σάμου, με έδρα τη Σάμο και τοπική αρμοδιότητα στις Περιφερειακές Ενότητες Σάμου και Ικαρίας.
Διεύθυνση Κτηνιατρικής Περιφερειακής Ενότητας Σάμου, με έδρα τη Σάμο και τοπική αρμοδιότητα στις Περιφερειακές Ενότητες Σάμου και Ικαρίας.
Διεύθυνση Αγροτικής Οικονομίας και Αλιείας Περιφερειακής Ενότητας Χίου, με έδρα τη Χίο και τοπική αρμοδιότητα στην Περιφερειακή Ενότητα Χίου.
Διεύθυνση Κτηνιατρικής Περιφερειακής Ενότητας Χίου, με έδρα τη Χίο και τοπική αρμοδιότητα στην Περιφερειακή Ενότητα Χίου.